In den Jahren 1282 und 1294 wurden die Kirche und die Klostergebäude durch Brände weitgehend zerstört. Beim Wiederaufbau der Kirche setzte man auf einen moderneren Stil, die Gotik.
Besonders schöne Beispiele dafür sind die Vorhalle der Vorkirche, der Altarraum und das Kreuzrippengewölbe des Hauptschiffs. Bei den aufwändigen Restaurierungsarbeiten wurden Dekorationen, Gemälde und reich verzierte Grabmäler hinzugefügt – insbesondere die von Henry de Sévery und Jean de Seyssel, Prioren der Abtei.
Die Silhouette der Abteikirche wurde durch die Bauarbeiten leicht verändert. Im 15. Jahrhundert setzten die Mönche dem Vierungsturm einen Spitzhelm mit einem Kreuz auf.
In dieser Zeit entstanden auch das imposante Wohngebäude des Priors und die Wehrtürme. Sie sind noch heute zu sehen (Maison du Prieur, Tour de l'Horloge, Tour de Saint-Georges).