En 1282 puis 1294, des incendies ravagent la majeure partie de l’église et des bâtiments conventuels. Les chantiers de reconstruction et de modernisation marquent l’apparition du style gothique.
Le porche de l’avant-nef, le sanctuaire, les voûtes de la nef en croisées d’ogives, en sont les plus belles représentations. Fastueuses, les réparations ajoutent des ornementations, des peintures et des monuments funéraires richement décorés, notamment ceux de Henry de Sévery et Jean de Seyssel, prieurs de l’abbaye.
Les travaux transforment quelque peu la silhouette de l’abbaye. Au XVe siècle, les moines modifient la tour de la croisée en édifiant une flèche prolongée de sa croix.
C’est également à cette époque que l’imposant corps de logis du prieur et les tours d’enceintes sont érigés. Ils sont toujours visibles aujourd’hui ( Maison du Prieur, Tour de l’Horloge, Tour de Saint-Georges).