L’abbatiale est classée Monument historique en 1900, avec la note 1 «monument d’intérêt national».
Le secteur qui entoure l’église est classé à l’Inventaire fédéral des sites construits d’importance nationale à protéger en Suisse (ISOS) depuis 2011.
Le site clunisien de Romainmôtier est inscrit sur la liste "L'abbaye de Cluny et les sites clunisiens en Europe" présentée par la Fédération Européenne des Sites Clunisiens pour une inscription au patrimoine mondial de l’UNESCO.