Der Chorraum, der früher den Mönchen und Geistlichen vorbehalten war, ist der wichtigste Raum der Kirche.
Das Chorgestühl wurde im 15. Jahrhundert von Jean de Seyssel, Prior von Romainmôtier, angefertigt. Die Miserikordien, kleine Stützbretter im Chorgestühl, dienten den Mönchen bei langen Stehzeiten als Stütze.
Der Chor wurde durch einen Brand zerstört und im gotischen Stil wiederaufgebaut. Er wird von einem blau bemalten Gewölbe überspannt, das mit Sternen übersät ist. Bemerkenswert sind die vier Kapitelle an jeder Ecke des Kreuzrippengewölbes.