Jadis réservé aux moines et au clergé, le chœur est l’endroit sacré de l’église.
Les stalles ont été réalisées au XVe siècle par Jean de Seyssel, prieur de Romainmôtier. Les petits appuis, les « miséricordes » offraient un soutien aux moines, durant les longs moments où ils devaient se tenir debout.
Détruit par l’incendie, le chœur a été reconstruit dans le style gothique. Il est surmonté d’une voûte peinte en bleu et parsemée d’étoiles. A remarquer les quatre chapiteaux situés aux angles de la croisée d’ogive.