Der Kreuzgang war einst der zentrale Ort des Klosters. Heute wird er durch die Umgebungsgestaltung der Kirche angedeutet: niedrige Steinmauern, Grünflächen und ein Brunnen.
Ursprünglich war er ausschliesslich den Mönchen vorbehalten. Er ermöglichte es ihnen, sich zwischen den verschiedenen Gebäuden zu bewegen und bot ihnen gleichzeitig Raum für Meditation unter freiem Himmel. Zudem schöpften die Mönche hier ihr Wasser aus dem Brunnen, der einzigen bekannten Wasserstelle des Klosters.
Die Ausgrabungen belegen, dass es zwei nacheinander errichtete Kreuzgänge gab. Der erste, im romanischen Stil erbaute Kreuzgang wurde durch einen Brand zerstört und durch einen gotischen Kreuzgang ersetzt. Von diesem sind nur noch die Überreste einiger Gewölbe an der Südseite der Kirche erhalten. Die Bauten des Kreuzgangs wurden nach der Reformation im 16. Jahrhundert von den Berner Besatzern zerstört.