Autrefois lieu central du monastère, l’emplacement du cloître est aujourd’hui suggéré, à l’extérieur de l’église, par des aménagements paysagers : murets, espaces verts et fontaine.
A l’origine, strictement réservé aux moines, il avait une fonction de circulation, entre les différents bâtiments mais offrait également un espace de méditation ouvert sur le ciel. Les moines venaient également cherche l’eau au puit, seul point d’eau connu, à l’intérieur du monastère.
Les fouilles attestent de l’existence de deux cloîtres successifs. Le premier, de style roman ayant été détruit par un incendie, il est remplacé par un autre cloître, de style gothique dont il ne reste que les départs de quelques voûtes sur le mur sud de l’église. Les bâtiments claustraux ont été détruits à la suite de la Réforme imposée par les Bernois au XVIe siècle.