Am 27. Januar 1537 säkularisieren die Berner das Kloster von Romainmôtier. Die Kirche, in der nun reformierte Gottesdienste stattfinden, wird nach und nach abgerissen und umgebaut. Die zwölf verbliebenen Mönche werden vor die Wahl gestellt: konvertieren oder ins Exil gehen.
Von 1537 bis 1798 wird das Priorhaus offizielle Residenz des von Bern ernannten Landvogts. Die anderen Gebäude werden vermietet, verkauft – teils gar umfunktioniert zu Kellern oder Getreidespeichern. Romainmôtier ist der Hauptort einer Vogtei, die aufgrund ihrer Herrschaftsrechte und der Höhe des Zehnten sehr einträglich ist. Im Zuge der Waadtländer Revolution wird das Gebiet 1798 unter den Bezirken Orbe, Cossonay, Vallée de Joux, Aubonne und Rolle aufgeteilt. Die Freude über das Ende des Berner Jochs ist auch heute noch zu sehen: Gemäss Überlieferungen soll dies nämlich der Anlass gewesen sein, hinter der Kirche die Linde zu pflanzen – heute ein majestätischer Baum.