Les recherches archéologiques montrent que le site de Romainmôtier était occupé au début de l’ère chrétienne. Des fondations de bâtiments ont été retrouvées à proximité de la rivière, le Nozon.
Les traces du premier monastère remontent au milieu du Ve siècle.
La première église aurait été édifiée par des moines, dont Romain, venus du Jura français. Le site répondait à leur désir d’isolement tout en étant proche des voies de communications transjuranes. Saint Romain de Condat est considéré comme un des Pères du Jura. Il propage activement la foi chrétienne dans la région.
A cette époque, Romainmôtier se trouve dans le Royaume des Burgondes. En 515, le roi Sigismond fonde l’abbaye d’Agaune (Saint-Maurice, en Valais) et y convie des moines jurassiens.