En 928, Adélaïde, épouse du duc de Bourgogne et propriétaire de l’abbaye de Romainmôtier, en fait don à l’abbaye de Cluny naissante, mais cette cession reste sans effet. Ce n’est qu’à la fin du Xe siècle que Romainmôtier est remis à l’abbé clunisien Mayeul.
Les Xe et XIe siècle sont marqués par la lutte que se livrent les moines et les familles nobles de la région pour l’agrandissement de leurs domaines respectifs. En septembre 1050, le pape Léon IX tient un synode à Romainmôtier. Il menace d’excommunication les seigneurs de Grandson, qui revendiquent les biens de l’abbaye.